釧路湿原は屈斜路湖を水源とする一級河川である釧路川を中心に発達しています。　釧路川が湿原内に流入､蛇行しながら流下する過程で､他多数の河川と合流し､太平洋に注いでいます。　この湿原を縦断する釧路川の水は、湿原に豊富なミネラルや栄養塩を運び､更にその下流域にあたる釧路地域の市民生活､産業を支えています。

湿原は､生物群に恵みを育むだけではなく､水環境にも大きな効用をもたらします。例えば､釧路川は年間の流量変化が小さい河川として知られていますが､それは湿原が水量を調節する「池」として働いていることによります。　また､湿原には過剰な流入有機物BOD （ BODについて )や栄養塩（栄養塩について）を、植物相や低層土壌によって固定化、軽減する作用があることも現在研究されています。　これは湿原が「自然界の浄水場」的役割を担っていることを意味し､流域下流における水利用の観点からは歓迎することですが、一方、その過剰な環境負荷が湿原に蓄積されていることとも同義で、その影響が懸念されています。