再生事業の対象地は釧路湿原流域全体ですが、実際事業は、対象地を「流域全体」、「湿原全域」、「パイロット事業地」の3つのスケールに分けて進められています。
また、事業は、調査や工事の実施、情報収集・活用といった再生事業本体にかかるもの、環境教育や市民参加に関する調査などソフト関連のもの、地域づくり、農業等他産業との両立にかかるもの、の3種類に大別されます。それぞれのスケールで、それぞれの種類の事業が進んでいます。